本发明公开一种磁控多功能变压器配置方法，一种磁控多功能变压器配置方法，包括以下步骤：S1，将磁控多功能变压器设置在电缆化率高的配电线路上，并计算电力系统各节点无功电压综合灵敏度；S2，根据无功电压灵敏度数值大小顺序，选取对应的无功补偿节点；S3，在电力系统最大负荷运行方式下，计算输出容性补偿容量优化配置结果；S4，对容性补偿容量优化结果进行修正，得到最终的配置结果。本发明将电抗器与变压器集成的磁控多功能变压器分布式安装在线路上进行无功补偿，实现无功分层分区平衡，使得补偿后的电力系统能够运行于更好的状态。