本发明公开了一种溯源文件的识别归档方法及系统，涉及计量溯源技术领域，该方法包括以下步骤：获取溯源文件，对溯源文件进行图像处理；从图像处理后的溯源文件中提取机构图像特征；将机构图像特征与数据库中的机构图像特征进行匹配，得到数据库中与该机构图像特征对应的归档文件，鉴别溯源文件的真伪；若溯源文件为真，则提取溯源文件的数据图像特征，对该数据图像特征进行数据项目提取，得到需要归档的数据，并将需要归档的数据通过加密的方式上传至服务器，服务器接收到需要归档的数据后，将需要归档的数据写入数据库，对溯源文件进行归档；若溯源文件为假，则向用户反馈异常信息，提高溯源文件归档的可靠性。