本发明公开了一种基于MODIS数据的区域生态环境质量综合评价方法，包括：获取任意年份区间的MODIS遥感影像，计算并重构高质量时序NDVI、SWCI、NDSIM、DI、LST、GPP数据集；取7‑9月份均值，水体掩膜及标准化后得到专题生态因子；基于生态因子主成分分析结果，构建基于MODIS的新型遥感生态指数RSEIM；依据不同年份的RSEIM评价区域生态环境质量及其时空变化。本发明利用时空连续的MODIS数据，构建了新型的遥感生态指数RSEIM，消除了天气、地形、时相、传感器等因素对遥感生态指数的影响，实现了大尺度、长时序的区域生态环境质量动态监测，过程清晰，流程科学，易在广域尺度中推广应用。