本发明提供了甲氧氟烷在制备抗肝包虫病的药物中的应用，甲氧氟烷能够通过甲氧氟烷能够通过在细粒棘球蚴和/或多房棘球蚴体内通过去氧甲基化生成氟化物和二氯乙酸，这两种甲氧氟烷的代谢产物可发挥协同作用，促进细粒棘球蚴和/或多房棘球蚴发生细胞坏死，通过碱性磷酸酶试验和台盼蓝染色试验验证了甲氧氟烷能够在体外有效地杀伤细粒棘球蚴和多房棘球蚴，且杀伤效率明显强于阿苯达唑，故可以作为主要或辅助杀伤肝包虫的药物或药物组分，为研制替代阿苯达唑的抗肝包虫病药物提供参考。