本申请实施例提供了一种机井灌溉控制器远程负荷柔性调度的方法及系统，在完成电子密钥的启动密码输入操作后，识别所述电子密钥的身份信息是否属于配网云主站客户端的注册信息；在所述电子密钥的身份信息属于所述客户端的注册信息的情况下，进入所述配网云主站客户端，并检测主网调度EMS系统是否接入配网云主站，若接入，则维护当时所述主网调度EMS系统中记录的变电站额定容量值；若没有接入，则记录主线路首段柱上断路器的数据信息，所述数据信息包括但不限于电压、电流、功率，完成变电站容量与出现间隔监测。