本发明公开了一种基于混合交通流的高速公路主线‑匝道车辆协同合流控制方法、设备及存储介质，所述控制方法包括：依靠路侧单元RSU‑1和RSU‑2的检测数据选择最佳协作车，基于多车道上HDV车辆与CAV车辆混合交通流，根据引导目标车辆安全汇入主线的协作车辆与匝道车辆的类型选择对应的控制模型，协同确定匝道车辆加速度与协作车减速度，进行速度控制；为匝道车辆预留合流间隙，进行换道控制；对比S2、S3操作后的控制区内车辆平均速度变化率，选择最佳方案。本发明综合考虑换道与减速决策的效益对比，搭建主线单向双车道‑单匝道合流场景，提高了舒适安全性，减小了合流时间及能源消耗。