本发明公开一种利用水听器监测海洋生态系统的健康状态的方法及装置，该方法包括以下步骤：以海草区域的水声信号为元素建立海草水声数据库，每个水声信号标记对应的健康度概率，水声信号和健康度概率组合为第一样本数据；从第一样本数据中选取水声信号，并从水声信号中提取第一时频特征谱，将第一时频特征谱与对应的健康度概率组合为第二样本数据。本发明的有益效果是：通过预先建立海草水声数据库，以海草水声数据库中携带了水声信号和健康度概率的第一样本数据建立神经网络模型，最终利用水听器获取的实时水声信号输入该神经网络模型，能够得到目标监测海域的实时健康度概率和健康度概率分布。