本发明公开了一种水电、风电和光电的出力互补分析方法及系统，涉及新能源发电互补领域，解决了相关技术中无法完整的体现水电、风电和光电出力互补特性的问题，其技术方案要点是：获取发电机组的出力序列，其中出力序列包括水电出力序列、风电出力序列和光电出力序列；将水电出力序列、风电出力序列和光电出力序列进行两两组合，构建两两组合后的发电机组的出力序列之间点对点的相似性矩阵；从相似性矩阵中确定出两两组合后的发电机组从出力序列终止点到达出力序列起始点的多条规整路径；从多条规整路径搜索总累积距离最小的规整路径确定为最优规整路径。