本发明公开了一种耐疲劳双组分聚氨酯导热结构胶及其制备方法，涉及黏合剂技术领域，其技术方案要点是：以重量份计，所述A组分包括聚醚多元醇20～30份、聚酯多元醇5～10份、气相白炭黑5～10份、阻燃剂20～35份、导热填料30～50份、抗氧化剂0.1～1份、硅烷偶联剂0.5～1.5份、催化剂0.05～0.2份；所述B组分包括聚醚多元醇5～15份，异氰酸酯20～35份，阻燃剂5～10份，导热填料50～70份，吸水剂0.5～2份，稀释剂3～5份。本方案的聚氨酯导热结构胶具有粘接性佳、导热率高、阻燃V0、耐疲劳性能佳、施工性好的特点，可满足新能源CTM及CTP技术动力电池包导热粘接及使用寿命要求。