本发明公开了一种处理微塑料污染水体的系统及方法。一种处理微塑料污染水体的系统，包括依次相连的杂质过滤器、第一pH调整池、微电解反应塔、芬顿反应装置、第二pH调整池、混凝池、絮凝池、沉淀池、臭氧氧化池。本发明的处理微塑料污染水体的系统，运行稳定，处理快捷且处理效率高；处理范围广，降解痕量微塑料的丰度从低到高均可，反应时间根据丰度不同稍有长短。利用本发明的处理微塑料污染水体的系统处理微塑料污染水体，处理效率高，效果好，出水无二次污染，降解效率可达88％以上，大幅度降低微塑料对水体、生态环境、水生动植物的污染和影响。