本申请公开了一种岩石表面润湿性预测方法和系统，准确预测了CO2地质封存过程中岩石表面的润湿性的变化情况。该方法包括：构建CO2分子的结构模型、盐水模拟液中包含的各个分子的结构模型以及岩石表面的结构模型；基于构建的各个结构模型，采用分子动力学模拟方法模拟目标地层条件下的CO2‑盐水‑岩石体系；当模拟的CO2‑盐水‑岩石体系达到平衡后，计算盐水模拟液液滴在岩石表面的接触角；调整目标地层条件，计算不同目标地层条件下盐水模拟液液滴在岩石表面的接触角。