本发明公开了一种荧光数字切片扫描方法、装置、设备及介质，其荧光数字切片扫描方法包括：S1、获取明场切片的宏观地图，所述明场切片的宏观地图的组织区域标注有感兴趣区域；S2、获取荧光染色切片的宏观地图；S3、将明场切片的宏观地图的组织区域和荧光染色切片的宏观地图的组织区域做位置匹配；S4、将明场切片的宏观地图上的感兴趣区域映射到荧光染色切片的宏观地图上；S5、根据荧光染色切片的宏观地图上的感兴趣区域进行荧光扫描，获得扫描结果。如此，本发明可以快速确定荧光数字切片的感兴趣区域，减少扫描区域，提高了扫描速度，同时，有效地降低了遗漏感兴趣区域的风险。