本发明属于电力领域，尤其涉及一种基于负载预测的主变重过载预警方法和系统，方法包括：处理负载历史数据，得到训练数据集和测试数据集；通过训练数据训练鲁棒深度学习模型，通过测试数据集代入鲁棒深度学习模型，进行短期负载预测得到负载预测值；根据负载预测值和主变额定容量，输出重过载预警。通过处理负载历史数据，得到训练数据集和测试数据集，可以为后续预测负载值提供判断基础；通过训练数据训练鲁棒深度学习模型，通过测试数据集代入所述鲁棒深度学习模型，进行短期负载预测得到负载预测值，可以有效进行负载的预测；根据负载预测值和主变额定容量，输出重过载预警，可以合理的输出预警以降低变压器的运行风险。