本发明公开了一种好氧反硝化菌‑小球藻菌藻生物膜的制备方法及应用，包括生物膜载体的制备以及生物膜的制备2个步骤，本发明通过好氧反硝化菌和小球藻耦合成藻菌共生体系，综合利用好氧反硝化菌和小球藻间的协同关系，进而实现污水中氮和抗生素的高效去除，在含抗生素的高氮源污染废水，如养殖废水、含有制药废水或医院废水的市政生活污水和工业废水的处理等污水处理领域具有很好的开拓和应用前景，本发明中的藻菌生物膜构建方法简单、污染物去除效率高，对总氮和四环素类抗生素的去除率可达94.75％和97.83％。