本发明涉及生物酶法处理技术领域，公开了一种马尾藻和鱼糜废水的混合酶解方法，包括以下步骤：（1）从鱼糜废水中回收蛋白质，获得鱼糜蛋白回收料；（2）将鱼糜蛋白回收料、马尾藻粉和水混合后，加入复合酶，进行酶解处理，获得酶解产物；所述复合酶包括β‑葡聚糖酶、纤维素酶、木瓜蛋白酶和风味蛋白酶；（3）对酶解产物进行过滤，获得含有海藻酸钠和鱼肽的混合溶液。本发明采用包括β‑葡聚糖酶、纤维素酶、木瓜蛋白酶和风味蛋白酶的复合酶，对鱼糜蛋白回收料和马尾藻粉进行混合酶解，能够提高马尾藻中海藻酸钠的提取率，同时实现鱼糜废水中回收的蛋白质的资源化利用。