本发明公开了一种复杂土壤条件下的盐碱地工程治理技术，属于土壤治理技术领域，包括明确暗管间距和暗管埋深，设置暗管；其中，暗管间距根据土壤渗透特性进行理论排水计算公式或模型模拟方式初步确定；明确弱透水层所在位置与地表的距离，设置打破弱透水层的桩井；桩井包括第一桩井、第二桩井和第三桩井，第一桩井位于暗管上方，第三桩井位于暗管和暗管中间位置处，第二桩井位于第一桩井和第三桩井之间；根据第一预设条件确定第一桩井、第二桩井和第三桩井的深度；建立三维土壤水盐运移模型；模拟不同桩井间距下组合排水的水盐运移，当桩井间距减少1倍，但排水中水分和盐分增加量小于5％～10％时，停止模拟并确定桩井间距。