本申请涉及一种PMD精确计算方法、系统及存储介质，方法包括宽带光源发出的光信号经过起偏器后进入偏振控制器，入射到待测光纤，插入和去除检偏器后分别进入高分辨率光谱仪，得到两组实验数据；将高分辨率光谱仪中的实验数据输出到数字信号处理单元；统计出归一化频谱图中λ1～λn内的峰值个数Ne；计算出每两个相邻峰值之间的间隔并取均值，记为λmean；确定精确估计峰值个数N′e，将精确估计峰值个数N′e代入公式即可计算出精确的PMD值，本申请通过对极值个数进行小数化精确统计，从而实现提高对PMD测量的精度。