本发明公开了一种电磁复合极化杀菌剂的海水抑菌系统及抑菌工艺，包括混合器和极化装置，其中，所述混合器的进口端分别与海水循环水源和杀菌剂源连接，出口端与所述极化装置的进水口连接，极化装置的出水口用于与外排管道连接；所述极化装置包括变频控制器、壳体、阴极和阳极，阴极和阳极均与变频控制器连接，阴极和阳极均为石墨电极，壳体上设置有进水口和出水口，阴极和阳极外置于壳体或内衬于壳体。将杀菌剂投加到海水循环水中后，将两者混合均匀，然后将混合液输送至极化装置内，向海水循环水施加变频脉冲，对其进行强化杀菌，变频脉冲的时间不低于10s；变频脉冲的电压变化范围为150‑220V，变频范围为30‑90Hz。