本发明公开了一种基于运动检测的CT扫描辅助系统及方法，X射线剂量检测模块进行X射线检测，当检测到X射线，输出第一检测信号；运动检测模块进行运动检测，当检测到目标对象发生运动，输出第二检测信号；曝光停止提示模块根据第一检测信号和第二检测信号，输出中断信号；CT扫描设备，输出第一扫描数据和中断释放X射线；补扫模块根据中断信号，记录CT扫描设备的中断位置，进而确定补扫位置；响应于补扫指令，控制CT扫描设备从补扫位置进行补扫处理；当补扫处理完成，CT扫描设备输出第二扫描数据；配准模块对第一扫描数据和第二扫描数据进行配准处理，得到目标CT图像。本发明能够有效防止运动导致过量X射线辐射剂量的问题。