本公开提出一种超级电容器的过电压保护方法和系统，该方法包括向超级电容器模组输入具有预设幅度的正弦波电流信号，获得超级电容器模组的电压信号，基于电压信号获得超级电容器模组的阻抗谱；检测超级电容器模组的单体电压是否满足要求，若不满足，则基于阻抗谱获得超级电容器模组的特征频率；获得具有预设幅度且角频率为特征频率的目标正弦波电流信号，将目标正弦波电流信号叠加在充放电电流上对超级电容器模组进行充放电直至单体电压满足要求。根据本公开的方法，能够更高效更可靠地进行过压保护。