本发明公开一种远程桌面控制系统保护被控端操作隐私的方法，包括以下步骤：主控端向被控端发送启用隐私保护功能指令；被控端接收到启动隐私保护功能指令后，通过其内的远程桌面处理模块检测当前被控端的电脑内的物理显示器的数量，并进行标记；被控端的运程桌面处理模块请求被控端的虚拟显示器驱动程序创建虚拟显示器，并将其记为显示器N；在被控端的电脑上的显示设置模块内，将被控端的电脑设置为仅在显示器N中显示。本发明的主控端进行的所有操作，均只会在虚拟显示器中进行显示，而被控端的电脑的物理显示器则无法进行显示，非授权人员无法偷窥到用户在主控端上进行的相关操作，有效防止信息泄漏的问题，安全性高。