本发明涉及一种用于核主泵的流体动压机械密封系统，包含多个串联设置的密封组件，每个密封组件包含有动压密封环，每个动压密封环固定连接在核主泵泵轴上的转子组件上，该转子组件通过所述动压密封环与定子组件以流体动压机械密封方式连接；位于顶部的密封组件上方还设置有停车密封组件。每个动压密封环与所述定子组件连接的密封面上设置有周期排列的槽，槽位于密封面的背压侧面积较大，有助于降低运行过程中的空化现象，因此降低了密封面的磨损风险；密封面采用碳化硅材料提高了使用寿命。