本发明公开了肝素功能化水凝胶及其制备方法与应用。本发明方法首先是在小分子有机物通过聚合反应合成大分子有机物的过程中加入肝素，或将大分子有机物直接与肝素混合，制得肝素基复合物；然后取水溶性乙烯基单体加入到所得肝素基复合物中，然后依次加入：引发剂、交联剂、引发助剂混合，搅拌反应，即得到所述的肝素功能化水凝胶。本方法适合大规模制备肝素基水凝胶。本发明制备的肝素功能化代表性水凝胶与直接混合的肝素基水凝胶相比较，具有更佳的血液相容性、抗凝性和高效的抑菌能力，可作为一种通用方法开发新型生物材料应用于导管和心血管设备或深度烧伤伤口的敷料，可在无需外加生长因子的条件下，加速皮肤伤口愈合。