本发明提供了一种咖啡果皮堆肥方法及其应用，属于废弃物利用和堆肥技术领域，具体涉及一种咖啡果皮堆肥方法，包括以下步骤：将咖啡果皮与有机辅料混合，得到堆肥基础物料；将堆肥基础物料采用高温好氧堆肥方式进行堆肥处理；所述堆肥处理时由若干堆体堆垛成高低起伏堆。本发明提供的堆肥方式以高温好氧堆肥技术为基础，采用高低起伏堆肥方式进行堆肥有助于快速升温，并长时间保持较高温度，加快果皮纤维素、果胶等物质分解，减少腐熟周期，40～60d即可完成咖啡果皮的腐熟。本发明提供的堆肥方法可有效杀灭果皮中大肠菌群、果蝇幼虫等有害生物，所得咖啡果皮有机肥肥效稳定，可广泛用作农作物肥料，尤其适合应用于改良酸性土壤。