本发明属于医疗污水处理技术领域，尤其涉及一种可以废料分离的医疗废水消毒处理设备，包括处理箱，所述处理箱内壁滑动连接有两个安装框，两个所述安装框内壁均对称转动连接有两个转轴，两个所述转轴相互靠近的侧壁共同固定有滤网，所述处理箱上安装有调换机构，所述调换机构包括固定在处理箱侧壁的清洁箱，所述清洁箱侧壁固定有两个电动推杆，两个所述电动推杆输出端贯穿清洁箱侧壁并分别与两个安装框固定连接，所述处理箱内壁密封固定有导流斗，所述导流斗下端固定有收集筒，所述收集筒侧壁对称开设有多个排液孔。本发明中可以根据滤网的堵塞严重情况自动对滤网进行调换，无需停机更换清理，有利于提高医疗废水的处理效率。