本发明公开了利用钝化石墨烯膜电容去离子装置去除废水中甲醇的方法，属于环保领域，所述方法是利用多孔氢钝化石墨烯膜对甲醇的选择透过性，在电场的作用下，使得甲醇透过石墨烯膜吸附在电极板上，从而去除废水中的甲醇；具体包括使用微孔过滤法对含有甲醇的废水进行过滤并测量甲醇的浓度；将过滤后的废水置于水池中并调节废水pH值；制备多孔氢钝化石墨烯膜；将石墨烯膜组装入电容去离子装置；将含有甲醇的废水泵入组装好的电容去离子装置中；给电容去离子装置施加电压，每隔30分钟测量废水中甲醇的浓度，并将装置施加反向电场解吸后再投入使用；当废水中甲醇的浓度降到8mg/L后，完成废水的处理。本发明能够实现废水中甲醇低成本的去除。