本发明涉及一种基于关系图卷积网络融合多源信息预测miRNA‑疾病的方法，属于系统生物学技术领域。本发明首先从数据库中获取miRNA‑疾病关联关系数据、疾病‑基因关联关系数据、miRNA‑基因关联关系数据、miRNA相似性数据、疾病相似性数据和基因相似性数据；再利用miRNA‑疾病关联关系数据，疾病‑基因关联关系数据，miRNA‑基因关联关系数据分别构建miRNA‑疾病关联关系网络，疾病‑基因关联关系网络，miRNA‑基因关联关系网络；然后利用miRNA相似性数据，疾病相似性数据，基因相似性数据，构建特征矩阵。将构建好的特征矩阵先进行非线性变化，再使用关系图卷积网络学习嵌入特征，重构出miRNA‑疾病关联矩阵；最后使用均方差损失函数来训练整个模型，最后输出结果。