本发明提供一种慢性踝关节不稳智能辅助诊断系统，属于医工结合与计算机辅助诊断技术领域。所述系统包括：运动特征提取模块，构建时空运动特征小样本；运动特征增强模块，构建对偶式生成对抗网络模型，利用时空运动特征小样本对其进行训练，使其能够生成增强特征样本；基分类器构建模块，用于构建用于识别慢性踝关节不稳的三种基分类器；多分类器融合模块，构建模型无关的元学习算法，将三种基分类器运用堆叠法进行集成学习，以时空运动特征小样本与增强特征样本组成训练集，利用K折交叉训练的方法对元学习模型进行训练，得到能够有效识别慢性踝关节不稳的多分类器融合模型。采用本发明，能够实现慢性踝关节不稳的有效辅助诊断。