本发明实施例提供一种氧扩散迁移行为的模拟方法、模拟系统和储存介质，包括：模拟含Nb锆合金晶体中不同间隙占位氧原子的含Nb锆合金结构；对所有所述含Nb锆合金晶体中不同间隙占位氧原子的含Nb锆合金结构进行结构优化，以得到与所有所述含Nb锆合金晶体中不同间隙占位氧原子的含Nb锆合金结构对应的能量最低的间隙占位氧原子的含Nb锆合金结构；对每对始末构型进行过渡态搜索，获得每对始末构型的单点能；将每对始末构型的单点能带入迁移能计算公式，得到每对始末构型氧原子的迁移能，模拟预测稳定态氧原子在含Nb锆合金晶体中的扩散行为。本发明实施例解决了现有技术难以模拟氧在含Nb锆合金中的扩散迁移行为技术问题。