本发明提供了一种基于多决策主体的水资源配置方法及系统，属于水资源配置技术领域，该方法包括：确定参与水资源配置的决策主体；概化供水端各水源和水厂工程的供水规则，并将所述供水规则的参数作为决策变量；根据水资源量、需水量和决策变量的初始值，得到水量分配初始结果；从多主体决策的角度计算各水资源配置决策主体对水量分配方案的决策权利值，并评价水资源配置方案的稳定性值；以稳定性评价值为目标函数，以供水规则为决策变量，利用粒子群算法更新供水规则；判断是否满足结束循环条件，并根据判断结果输出供水规则和水量分配结果，作为最优水资源分配方案。本发明解决了水资源配置方案与实际管理脱节、难以落地的问题。