本发明提供了一种云层移动轨迹预测方法和系统，包括：将数值天气预报风速数据采用插值方法插入到云层初始数据集；再将数值天气预报风速数据采用插值方法插入到云层高度数据集，获得云层各高度的风速；基于所述云层初始数据集和云层各高度的风速，获取云层移动轨迹预测结果；本发明通过将数值天气预报风速数据在云层初始数据集进行插值，使天气预报风速和云层初始数据集的水平分辨率和维度保持一致，之后在云层高度数据集插入数值天气预报风速数据，获取各层高的风速，基于云层初始数据集和各层高的风速，可更为准确的获得云层短时移动之后的位置，提高短时云层移动轨迹预测结果。