本发明涉及无人机控制技术领域，公开了一种厂区无人机巡检方法及系统；本发明提供的一种厂区无人机巡检系统，包括陆空两用无人机、采集模块、定位模块、坐标生成模块和无线通讯模块；本发明还提供了一种进行厂区无人机巡检的方法，以陆行模式无人机作为主控无人机，通过定位模块、坐标生成模块和无线通讯模块可以实现所述陆地模式无人机对飞行模式无人机飞行位点的控制；同时通过采集模块可实现陆地模式无人机和飞行模式无人机协同巡检，有效提高了巡检的精确度和效率。