本发明公开了一种碱性电解水装置的安全运行方法，包括以下步骤：1)向碱性电解水装置内通入高压气体，待碱性电解水装置内的压力达到第一预设值时，则关闭碱性电解水装置进气口及出气口处的阀门，再进行静置；2)将碱性溶液通入碱性电解水装置内，待碱性电解水装置内部压力达到第二预设值时，则关闭碱性电解水装置进液口及出液口处的阀门；3)将直流电源与碱性电解水装置的正负极相连接，其中，碱性电解水装置输出的氢气进入到氢气分离器中，碱性电解水装置输出的氧气进入到氧气分离器中，该方法能够保证碱性电解水装置安全稳定高效的运行。