本发明公开了一种适用于无线传感网络低功耗传感器的身份认证方法和系统，传感器根据区域位置编码数据Pos，计算区域位置Tpos，根据区域位置Tpos和激励数据Stimu，调用PUF硬件指纹提取算法，选取区域位置Tpos对应的PUF硬件指纹中字段作为PUF硬件指纹密钥K。传感器根据PUF硬件指纹密钥K，加密区域位置编码数据和激励数据Pos||Stimu得到APOS，将ID||APOS发给汇聚节点。汇聚节点根据映射表，取出设备号ID对应的PUF硬件指纹选取字段作为PUF硬件指纹密钥K'，解密APOS得到Pos'||Stimu'。如果Pos'||Stimu'和Pos||Stimu结果一致，传感器通过认证。本发明实现阻断非法传感设备不断发送数据、防止非法汇聚节点接入网络、防止一次获取全部传感器数据。