本发明公开一种深海LADCP观测数据后处理方法及处理终端，所述方法包括：步骤1：获得LADCP原始观测数据；步骤2：根据倾角变化率按深度划分若干层，倾角变化率越大，层厚越小且层数越多；步骤3：根据当前层所覆盖的流速剖面计算各层的流速平均值；步骤4：分别计算出各层的流速剪切和相对流速剖面，相对流速剖面为流速平均值叠加上流速剪切；步骤5：计算出绝对流速剖面，绝对流速剖面为相对流速剖面叠加上参考流速。本发明采用分层平均思路，可从低回波深海环境LADCP数据中处理获得高精度、高准确性的海水绝对流速和流速剪切，优于目前普遍使用的逆方法和剪切法。