本发明提供了一种星地高速数据双站接力传输测试方法和系统，包括：编制双站接力注数包；上注双站接力注数包；实时遥测监视注数包执行情况、传输系统开机情况，检查地面设备接收前站数据情况；实时遥测监视卫星数据传输通道所在天线的切换过程；实时遥测监视传输系统工作情况以及关机情况，检查地面设备接收后站数据情况；定位前站数据中各个通道最后一帧数据的AOS格式的数传数据帧计数；定位后站数据中各个通道第一帧数据的AOS格式的数传数据帧计数，若后站各通道的第一帧与对应的前站各通道的最后一帧帧计数连续，则判定两站数据接力传输正常。本发明既适用于地面测试阶段，又可用于在轨测试阶段，保证了测试数据的有效性和可比对性。