本发明属于能源优化领域，提供了面向乡村建筑的综合能源系统的运行优化方法及系统，以冷热电联供作为综合能源系统的基础，结合乡村地区的用能特征及乡村地区典型的资源，以蓄电池作为储能装置，构建一套具有乡村供能特色的综合能源系统；以经济性以及环保性指标作为系统的目标函数，以综合能源系统的能量平衡为约束关系，对综合能源系统关键设备的容量进行配置；将综合能源系统关键设备容量配置结果作为约束，将乡村建筑典型日冷热电负荷数据作为基础，以内燃发电机组的逐时出力作为优化变量，进行多级优化得到综合能源系统运行控制策略，实现系统的经济性及环保性最优。