本发明涉及一种复杂山区长大线状工程的工程地质区划方法及系统，属于工程地质区划领域，方法包括：获取待区划地区的工程地质条件参数；工程地质条件参数为用于评价待区划地区在平面工程地质条件和/或剖面工程地质条件的基础参数；对待区划地区进行网格划分，得到若干个相同尺寸的网格单元；根据工程地质条件参数，计算每一网格单元的综合参数值；对所有网格单元的综合参数值进行取值区间划分，得到若干个综合值区间；若干个综合值区间用于表征不同等级的工程地质条件，且每一综合值区间对应一个工程地质条件等级。本发明适用于复杂山区长大线状工程，填补了目前针对复杂山区长大线状工程缺乏工程地质区划技术指导的空白。