本发明公开了一种食品加工用聚甘油脂肪酸酯制备方法，包括如下步骤：甘油、第一催化剂在压力为0.015‑0.020MPa、150‑165℃的条件下搅拌反应1h，然后升温至200‑210℃反应4‑5小时，制得聚甘油混合物；聚甘油、液态脂肪酸、第二催化剂在压力为0.012‑0.015MPa、200‑220℃搅拌反应1h，然后升温到225℃搅拌反应0.5h，制得聚甘油脂肪酸酯混合物；降温，造粒。本发明优点有：第一催化剂和第二催化剂的原料、用量使用恰当，能够提高聚甘油、聚甘油脂肪酸酯合成效率，减少副产物产生及原料浪费；经过多级真空高温提纯，可以高效去除不同的杂质，提高产物质量。