一种基于深度学习的鱼类资源快速识别方法和系统，针对所述原始图像文件进行鱼类图片分割，利用分割不准确的分割图像和经过监测后对应的完整鱼类轮廓对图片分割模型进行训练，实现所述图片分割模型的迭代更新；针对准确的分割图像进行鱼类识别并分类，利用识别不准确的分割图像和校核修改后的识别结果对识别算法模型进行训练，实现所述识别算法模型的迭代更新；首先利用图片分割模型将原始图像文件按照标定的鱼类声音分别对应分割成一整分割图像；再利用识别算法模型对每一张分割图像中的鱼类进行长度识别和分类识别；从而实现鱼类资源的快速准确识别。