本发明公开了一种多孔介质燃烧器的智能控制方法及系统，属于自动控制技术领域。首先采集多孔介质燃烧器正常工作时运行、状态参数以及实验数据为参考历史数据；采集运行、状态参数；建立重要性的分析模型，分析功率需求与燃烧模块数的相关程度，确定每个燃烧模块的重要性因数；分析各燃烧模块的状态参数与运行参数相关程度，确定每个运行参数的重要性因数。当状态参数超出预设阈值时，对当前运行、状态参数与参考历史数据进行分析，预测下一时间步状态参数，当预测结果与参考历史数据的偏差超出预设阈值时，调节重要性因数最大的运行参数，依据最优回归原理计算调整量。本发明能够最大化实现多孔介质燃烧器稳定燃烧，降低NOx、CO的排放。