本发明提供一种公钥密码算法侧信道分析方法，对于待处理的多个波形段可以聚类至第一集合和第二集合内、且第一集合和第二集合具有各自的聚类中心；针对第一集合与第二集合中的任意一个集合，确定该集合内各波形段与另一集合的聚类中心的距离，并选择距离最远的多个波形段作为该集合的第一子集、剩余的多个波形段作为该集合的第二子集；针对第一集合与第二集合中的任意一个集合，将该集合的第一子集内的多个波形段贴标签0、另一集合的第一子集内的多个波形段贴标签1，并遍历该集合与另一集合的第二子集内的各波形段贴标签0或1；按照贴标签后的各波形段在待处理的多个波形段中的次序进行标签拼接得到相应的密钥，验证该密钥以确定正确密钥。