本发明提供抗宠物腹泻复合益生菌及其应用。所述复合益生菌由植物乳杆菌ZY08、屎肠球菌ZJUIDS‑R1、动物联合乳杆菌ZJUIDS‑R2按照等比例组合。本发明从健康宠物粪便中分离获得的益生菌并进行组合。该益生菌组合物具有较强的胆盐水解酶活力，在耐酸耐胆盐方面比其他乳酸菌有明显的优势，适合肠胃环境并具有增殖能力。该益生菌组合物具有良好的抗菌活性，能抑制肠内有害的病原菌。所述复合益生菌可在制备预防宠物腹泻产品中的应用。本发明中的复合益生菌可广泛用于开发各种宠物预防腹泻相关益生功能产品。