一种基于置信度滤波的水体图像提取方法及其系统，方法包括如下步骤：1、获取水体遥感图像；2、将遥感图像划分为有标签的样本集和无标签的样本集，训练基准网络；3、计算获得平均预测结果；4、对平均预测结果进行滤波，得到无标签样本掩膜，并对无标签样本掩膜取反得到有标签样本掩膜；5、形成新的样本集；6、生成新样本集对应的标签；7、训练一个最终模型，将最终模型预测的结果作为最终水体图像提取结果。本发明能够将一致性准则和模型预测的熵极小化相结合，充分利用无标签数据，提高模型的泛化能力与鲁棒性，大幅降低在仅使用少量有标签数据情况下模型的错误率，实现了对水体图像的精确提取。