本发明公开了一种疫苗瓶防污染真空包装方法，包括矩形框体；所述矩形框体由两个前后对称设置的双层板、两个对称设置的单层板和底板组成，所述单层板的外侧面与底板的上表面均设有阵列分布的支撑板，所述双层板的内部设有均布的矩形中空减重舱体；既减轻了包装盒的整体质量，又保障了包装盒的整体结构强度；所述矩形框体的外侧面上端设有透气孔；将疫苗瓶的瓶口朝下，均匀的排布在矩形框体的内部，然后将矩形框体装入真空包装袋内，对真空包装袋进行抽真空处理，抽真空完成后进行封口处理；本疫苗瓶防污染真空包装方法，可以对疫苗瓶进行抽真空包装，相比较现有的包装方法，抽真空更彻底，可以实现疫苗瓶的无菌真空包装。