本发明涉及一种烟丝箱清洁系统，包括：装箱装置，被配置为将烟丝装入烟丝箱内；第一清洁装置，设于所述装箱装置的下游，被配置为对装有烟丝的烟丝箱的外壁面进行清洁；翻箱装置，被配置为倾倒烟丝箱内的烟丝；第二清洁装置，设于所述翻箱装置的下游，被配置为对倾倒烟丝后的烟丝箱的外壁面进行清洁；以及第三清洁装置，设于所述翻箱装置的下游，被配置为对倾倒烟丝后的烟丝箱的内壁面进行清洁。本发明在不影响生产连续性的前提下对烟丝箱的内壁面和外壁面进行及时、全面的自动清洁。