本发明提供一种细胞培养皿的清洗方法，包括：至少一个细胞培养皿，其包括皿体和皿盖，所述的皿体的周向侧壁具有至少一个凹部；至少一个清洗单元；烘干单元；控制单元，其控制清洗单元和烘干单元的工作状态，使细胞培养皿顺次经过清洗单元和干燥单元并被处理；所述的清洗单元或干燥单元接收所述的至少一个细胞培养皿后，将皿体和皿盖相对放置且分别独立固定于清洗单元或干燥单元的夹持部，皿体和皿盖的轴线与重力方向基本垂直；控制清洗喷头或干燥喷头伸入皿体的所述凹部，清洗喷头和干燥喷头向皿盖内表面间歇性喷射流体，至少部分所述的流体接触皿盖内表面后反弹至皿体内表面。该方法减少清洗过程中工作介质的用量，并提高了清洗效率。