本发明公开了一种用于水产养殖的消毒设备及其操作方法，包括主消毒池、副消毒池和养殖池，主消毒池、副消毒池设置于养殖池的一侧两端，主消毒池和副消毒池的内部一侧均设有加药组件，且主消毒池和副消毒池的内中部均设有消毒辅助组件,主消毒池、副消毒池和养殖池之间设有输送组件，养殖池的内侧中部设有分隔组件，且养殖池的内侧并位于分隔组件的两侧均设有废物清理组件。该种用于水产养殖的消毒设备及其操作方法，提高了消毒后的水体的制取，从而提高水产养殖的整体消毒效果，且保证了消毒水的溶度避免对水产作物造成危害，同时有效避免了堆积的水沉废物在短时间难以完成消毒的问题，增强了水产养殖效果。