本发明公开一种电子倍增器增益自调节电路，其包括：放大单元用于将电子倍增器输出电流信号转换放大为电压信号；比较单元包括设有第一阈值电压的第一比较器和设有第二阈值电压的第二比较器；放大后的电压信号分别经第一比较器和第二比较器进行阈值电压比较；计数单元包括对第一比较器输出计数的第一计数器和对第二比较器输出计数的第二计数器；控制单元用于计算第一计数器输出和第二计数器输出比值；比值小于比值阈值时，控制单元调节电子倍增器两端的直流电压使得电子倍增器增益增加进入自调节状态，直至比值等于1进入稳定状态。本发明通过双阈值电压比较、计数后相除再比较的方法，实现电子倍增器增益在线、实时自动调节，操作简单。