本发明公开一种水表在线校准方法及系统，方法包括：根据获取的实时偏移信息，在设定时间周期内连续获取水表在零流量状态下超声波的至少一组波动区间；根据当前获取的不在静态时间差范围内的各组波动区间得到当前水表的水流速，并根据水流速和水表测量管的横截面积得出水表的预期流量计量值；若某一预期流量计量值与示数流量值的差值大于最大允许误差值，则将某一预期流量计量值归属于预设流量阈值；获取实际流量计量值并计算各个实际流量计量值的平均流量值，使确定示数流量值的在线校准结果。能够减小静态时间差偏移对的流量水流体的测量一致性的影响，并降低了测量管的横截面积计算时的误差以及其他必要误差造成的对水流量计算的影响。